Grisjakten bygger på PC Jersilds tänkvärda roman med samma namn. Byråkraten Lennart Siljeberg (Hans Alfredson) jobbar vid Statens boskapsinspektion. Han har fått det till synes viktiga uppdraget att utrota alla grisar, med början på Gotland, och tar sig an uppgiften utan att ifrågasätta myndighetens motiv.