Att vara regent passar inte alla. Speciellt inte ett snarstucket träsktroll som luktar gammal sumpmark. Men när Kung Harold plötsligt kolarvippen måste Shrek göra sig redo för kronan, om han inte snabbt som ögat hittar en bättre efterträdare. Därför beger sig Shrek iväg för att finna Fionas sedan länge försvunne kusin, Artie, som dock inte visar sig vara det Shrek hade tänkt sig. Tillsammans med sina vänner, den korkade Åsnan och den sluge Mästerkatten-i-stövlarna, sätts Shrek på nya svåra prov samtidigt som Prince Charming lurar i kulisserna.