Neos krafter är tömda och han driver omkring i ett ingenmansland mellan Matrix och Maskinvärlden, där Matrix skapats. Medan Trinity vakar över Neos medvetslösa kropp, brottas Morpheus med egna tankar. Han börjar grubbla på om inte Den Utvalde kanske bara är ytterligare ett system för kontroll skapat av arkitekterna bakom Matrix. Kriget drabbar den underjordiska staden Zion, där de sista fria människorna håller sig gömda. Nu tvingas militären, desperat att kämpa mot den till synes oövervinnerliga styrkan av maskinvarelser som attackerar dem.