"Water Lilies" utspelar sig i en Parisförort där vi möter de tre 15-åriga flickorna Marie, Anne och Floriane. De möts i simhallen där Anne och Floriane övar konstsim, och Marie hänger runt och kollar. Utan pekpinnar eller fördomar får vi inblick i en ungdomsvärld där var och en försöker förhålla sig till den komplicerade frågan om sin sexualitet. Med sin debutfilm lyckas regissören Sciamma berätta en laddad och sensuell "Fucking Åmål"-historia om den känsliga brytningstiden i livet då vuxenvärlden knackar på dörren.