Under ett farligt räddningsuppdrag i rymden träffas Jean Grey av en kosmisk kraft som gör henne till den starkaste mutanten av alla. Jean tappar alltmer kontrollen samtidigt som hon försöker bemästra sina nyvunna krafter, vilket inte bara hotar att splittra X-Men, utan hela världen. Efter nästan 20 år tvingas nu de mutanter vi lärt känna och älska att möta sin värsta fiende hittills - en av sina egna.