Autómata utforskar potentiella faror och komplexa problem som uppstår när människa och maskin smälter samman. Omfattande radioaktivitet har utplånat merparten av jordens befolkning. De få människor som finns kvar lever i ett samhälle med robotar som har utvecklats för att tjäna och per design inte kan skada människor. Men när agenten Jacq får i uppdrag att utreda ett fall där en robot påstås ha lyckats omprogrammera sig själv, gör han en upptäckt som får allvarliga följder.