Efter händelserna i X-Men: The Last Stand reser Logan (Wolverine) till Japan. Han möter där en bekant från sitt förflutna, Ichiro Yashida, som han räddade livet på under andra världskriget. Yashida erbjuder på sin dödsbädd Logan en chans att bli dödlig men Logan tackar nej. Men en dag visar det sig att Logan har blivit dödlig, för under en strid på Yashidas begravning kan han inte hela sig själv. Sårbar för första gången och pressad till det yttersta, ställs Logan inte bara mot dödligt samurajstål utan tvingas även brottas med sin egen odödlighet. En kamp som för evigt kommer förändra honom.