Agenterna J och K är tillbaka! Tillbaka i tiden... J har sett många oförklarliga saker under sina 15 år med Men in Black men inget, inte ens aliens, gör honom så förvirrad som hans föraktfulla, tystlåtna partner. Men när K´s liv och planetens öde står på spel, måste Agent J resa tillbaka i tiden för att ställa allt till rätta. J upptäcker att det finns hemligheter i universum som K aldrig har berättat om, hemligheter som uppdagas när han slår sig ihop med den unge Agent K för att rädda sin partner, agentfirman och framtiden för mänskligheten.