Efter att ha utmanat en elak drake, befriat en vacker prinsessa och räddat sina svärföräldrars kungarike – vad ska ett träsktroll göra då? Tja, heter han Shrek så har han plötsligt blivit en respektabel familjefar. Istället för att skrämma bort bybor, som förr i tiden, skriver han numera motvilligt sin autograf på högafflar. Har träsktrollets hemska rytande kvävts? Shrek saknar tiden som "riktigt" träsktroll så mycket att han luras att ingå ett avtal med en skojare med välsmort munläder – Bullerskaft. Plötsligt befinner sig Shrek i en skruvad alternativvärld, ett långt långt borta där träsktroll är lovligt byte, där Bullerskaft är kung och där Shrek och Fiona aldrig ens träffats. Nu måste Shrek göra allt han gjort ogjort för att rädda sina vänner, återställa den vanliga världen och återfå sin enda sanna kärlek.