Vad är det som för samman goda vänner? För Daphne, Velma, Fred, Shaggy och Shaggys modiga hundvalp Scooby-Doo är svaret ett mysterium! Nu kommer Scooby-Doo som spelfilm! I originalfilmen The mystery begins förs vi tillbaka i tiden till det tillfälle då fyra tonårsdeckare (plus en hunddetektiv) träffas för första gången. Trots att de är oskyldiga anklagas de för att ha utfört ett kusligt practical joke med spöken och blir relegerade från Coolsville High. För att rentvå sig gaddar de sig samman och försöker lösa det övernaturliga mysteriet....och hamnar i en massa spännande äventyr med många dråpliga situationer och skratt - allt från pojke-möter-hund till den första resan i mysteriemaskinen och mycket mer.