PEARL HARBOR handlar om Rafe McCawley och Danny Walker, två våghalsiga unga piloter inom det amerikanska flygvapnet som har växt upp tillsammans, nästan som bröder. Rafe blir tillsammans med den vackra och orädda sjuksköterskan Evelyn Stewart, som tjänstgör i den amerikanska flottan. Medan Rafe ger sig av till Europa för att tjänstgöra i det Brittiska Flygvapnet i dess kamp mot Tredje Riket, blir både Danny och Evelyn förflyttade till paradisön Hawaiis flottbas Pearl Harbor. När Rafe rapporteras som saknad i strid, söker vännerna Danny och Evelyn tröst i varandras armar. Deras liv slås i spillror och världshistorien förändras när 120 japanska bombplan dyker upp vid horisonten.