Denna gång besöker Nanny McPhee en plågad ung mor, Isabel Green, som försöker driva familjefarmen medan hennes man är borta i krig. Men väl där inser Nanny McPhee att fru Greens barn själva utkämpar ett krig, mot deras två bortskämda kusiner från staden som just flyttat in och vägrar lämna dem i fred. Med hjälp av bland annat en flygande motorcykel, en staty som plötsligt kommer till liv, en trädklättrande griskulting och en babyelefant som dyker upp både här och där, använder Nanny McPhee sin magi för att lära farmens stygga barn fem nya läxor.