Tio år har gått sedan chimpansen Ceasar ledde upploppet i "Apornas Planet: (r)Evolution". Nu leder han en växande grupp genetiskt utvecklade apor som hotas av de få människor som överlevt ett dödligt virusutbrott. Trots deras försök att leva sida vid sida så bryter ett krig ut som ska komma att avgöra vilken ras som regerar på Jorden.